iodéOS intègre deux magasins complémentaires : Aurora Store et Fdroid.
- Aurora store est une alternative au Google Play avec lequel vous pouvez avoir des informations sur les mouchards (trackers) présents dans chaque application, usurper votre localisation et plus.
- F-Droid est un catalogue de logiciels libres et à code source ouvert pour la plateforme Android.